Serangan dan kebangkitan besar mengancam Desa Konoha. Boruto, dengan mata Jougan-nya, berada di garis depan konfrontasi ini. Code, dengan rencananya yang jahat, bersiap untuk memanfaatkan kekuatan juubi ekor 10.
Boruto memberi tahu Code tentang teror yang akan datang dari juubi. Meski juubi merupakan ancaman, Code berusaha untuk mengendalikan monsternya untuk dijadikan alat penyerang. Sementara itu, Toneri berpendapat mata Boruto adalah simbol harapan dalam melawan kejahatan. Ia yakin mata Boruto mampu menghapus kegelapan dengan berhadapan langsung dengan monster Jubi milik Code.
Walau begitu, sampai saat ini Boruto belum sepenuhnya memahami bagaimana cara mengeksplorasi kekuatan penuh mata Jougan miliknya. Ia sadar ancaman yang disebabkan oleh serangan Code dan monster bijuunya menjadi masalah besar bagi Desa Konoha.
Menambah kompleksitas situasi adalah pertumbuhan pohon Shinju di Desa Konoha. Pohon ini menyimpan ancaman yang sulit dipahami dan tampaknya memiliki karakteristik yang berbeda dari pohon shinju yang ada dalam anime Naruto sebelumnya. Pohon Shinju ini sulit dimusnahkan dan ditemukan oleh Boruto.
Bahkan ada dugaan bahwa chakra yang diserap oleh pohon Shinju dialirkan kepada juubi ekor 10 yang belum diketahui keberadaannya. Jika juubi ekor 10 berhasil berubah menjadi pohon Shinju, ia akan menghasilkan buah Chakra yang besar.
Diantara semua ini, Code berencana menjadi Otsutsuki murni dan memperpanjang serangannya ke Desa Konoha. Sedangkan kebangkitan Jougan bisa saja terjadi selama masa flashback semasa timeskip.
Ditengah berbagai tantangan ini, Boruto dan Desa Konoha harus mempersiapkan diri. Pada akhirnya, mata Boruto memiliki kemampuan untuk melawan kejahatan dan menghapus kegelapan. Serangan Code dan kebangkitan juubi ekor 10 menjadi ancaman serius, namun mereka percaya pada kemampuan Boruto untuk melindungi Desa Konoha.